Il territorio del Parco comprende una quantità incredibile di ecosistemi, da quello costiero a quello marino fino ad arrivare alla macchia mediterranea. La quantità di biodiversità è notevole sia dal punto di vista della flora sia dal punto di vista della fauna: importantissime le foreste di Posidonia che formano un habitat fondamentale per numerose specie animali e vegetali, numerosi endemismi floreali fra cui molte specie psammofile, di notevole interesse anche la quantità di specie di avifauna marina con il Gabbiano corso (Ichthyaetus auduinii) e il Marangone dal ciuffo (Phalacrocorax aristotelis) a fare da padroni, mentre in mare sono numerose le specie di squali (per i quali è attivo un progetto di conservazione ad hoc) e mammiferi marini da poter avvistare.
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