Questa specie ha un'importanza fondamentale per l'ecosistema marino: forma delle colonie su substrati sabbiosi o melmosi che rappresentano il climax (stadio finale) dei fondali marini mediterranei. E' riconosciuta come l'endemismo più tipico del Mediterraneo ed è oggetto di notevole interesse conservazionistico in quanto negli ultimi anni è risultata in regresso.
La Posidonia presenta un complesso rizomatoso che esercita un'azione di fossazione del fondale, nel senso che contribuisce allo smorzamento idrodinamico delle correnti e del moto ondoso; inoltre, è stato certificato che là dove è stata distrutta si è incrementato il processo di erosione dei litorali sabbiosi: in molti casi ha determinato un arretramento della linea di costa di circa 20 metri.
Un altro aspetto della presenza di Posidonia è la qualità dell'ecosistema marino: nell'area del Parco Nazionale dell'Arcipelago di La Maddalena è stato osservato che con la presenza di questa specie l'acqua è più trasparente e pulita.
Le foreste di Posidonia formano anche un habitat indispensabile per moltissime specie di invertebrati e vertebrati marini; per alcune specie di molluschi cefalopodi e di pesci importanti per l'economia umana, questo habitat offre un rifugio importantissimo; pochi, invece, sono gli organismi che si cibano delle foglie di Posidonia, in quanto sono composte da sostanze chimiche per molti indigeribili, ma esistono degli organismi che dipendono da esse come per esempio la specie di riccio di mare Paracentrotus lividus o il pesce Sarpa salpa; infine i residui disgregati di Posidonia sono fonte di alimento per molti organismi detritivori.
Queste considerazioni mettono in evidenza l'importanza di questa specie e delle associazioni fitologiche che forma sia dal punto di vista fisico sia dal punto di vista biologico.
Il Parco sta portando avanti degli studi e dei progetti di conservazione importanti per salvaguardare la Posidonia.
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